吉布提虽然地处海滨，境内却没有一条常年流水的河流，水资源主要来源于临近埃塞高原的地表水、地下水及境内降雨。其年均降雨量仅有133毫米，年蒸发量却达到了2300毫米，境内集水面积近2000平方公里的阿萨尔和阿贝两大湖泊，却都是咸水，而且吉布提水利设施建设薄弱，地表水几乎难以利用。

吉布提还是热带沙漠和热带草原气候，平均气温在35℃以上，旱季时许多水源井中的水位显著下降，一些水源井甚至由于难以有效补给而枯竭。

这些因素导致了整个吉布提人均可更新水资源总量，低于人均500立方米的国际极度缺水标准线