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Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。

Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对,从而得出全部比对结果。