一户三层楼确权关键要看宅基地三层建筑审批了没有，如果审批了有合法的建筑手续，那就要按审批了的宅基地面积仗量计算，然后在计算二层的建筑面积，再计算三层的建筑面积来进行登记，如果建筑超出了审批面积，那就不能正常确权了。要依法处理了才可确权。