科莫多巨蜥在印度尼西亚是保护动物，属于极度濒危物种等级。

科莫多巨蜥是世界上最珍贵的动物之一，人们曾为得到科摩多巨蜥坚硬而厚实的皮而将其捕杀或是将它抓到动物园去展览，使得科莫多巨蜥只剩下不超过3000条，属印尼国家保护动物和自然保护联盟的易危物种，在科莫多岛上的国家公园里已被保护起来，1991年科摩多国家公园被登录为世界遗产。已被列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2012年濒危物种红色名录ver3.1——易危(VU)。