最主要的几个港口，马尼拉，宿务，达沃，伊洛伊洛。马尼拉港有南港，北港，国际集装箱3个港区，码头泊位有26个，岸线长度2931米，最大水深11.6米。宿务港主要码头泊位有20个，岸线长度3303米，最大水深12米。达沃港位于菲律宾南部，外有萨马尔岛挡风浪。伊洛伊洛港位于班乃岛的南部和东北部，这里有天然的海滩吸引游客前来观光。