因为宋金战争期间，'衍圣公'孔端友追随宋高宗南渡寓居浙江衢州，此后不久，金朝天眷三年，金熙宗也册封留居北方的孔子第49代孙孔端友侄子孔璠为'衍圣公'。孔府自此分为南北二宗。

金朝灭亡后，北宗衍圣公孔元措归降蒙古，仍袭封衍圣公，元朝统一中国后，南宗衍圣公孔洙于1282年来大都朝觐元世祖，被委以其他职务。

孔洙死后，孔府南宗不再担任'衍圣公'一职，但仍组织衢州孔庙的祭祀活动，香火一直不断。