位于港闸区永兴大道。南通站为中国铁路上海局集团有限公司管辖的二等站，是宁启铁路的中间站。于2002年10月开工建设，2003年办理货运，2004年7月1日开办客运。2007年4月18日，南通站经扩建后投入使用2016年5月15日，南通站正式开行动车组列车。