科三扣一分的原因：

科目三考试取消了，也等同于考了一次，也会减少一次考试机会就会减一分。你在报考驾驶证的时候，在考科目三考试的时候去车管所取消了考试，就减少了一次考，科目三考试的资格，所以建议你没有特殊情况不要去取消考试。