大小不同：

"一条船"：泛指比较的小的船。比如小舟

"一艘船"：形容较大的船。比如轮船

一艘船比较正式，多用于书面语及正式场合，新闻或者官方报道多用艘，一条船偏向口语，非正式场合多用，例如闲谈聊天，歌词等。像很多货轮，客轮的都是用的“艘”，一艘轮船。