父子关系的证明居委会是不能证明的。

如果父子在一个户口簿上，只要用户口簿就可以证明。

按现行规定，对于户口不在一起的情形，如果不能用户口簿证明存在父子关系的，当事人可以前往公安派出所，请求公安派出所在核实后依法出具相应的亲属关系证明。