《暗影格斗3》的故事发生在《暗影格斗2》之后的一个时代，恶魔虽然已经被赶跑但是世界上依旧有一些暗影资源，故事就是围绕着三方势力（军团、王朝、先锋）争夺资源的故事展开的。