主要吃轮虫、枝角类、桡足类等浮游动物和原生动物，也吃部分浮游植物（如硅藻和蓝藻类）和人工饲料。

大头鱼的鳃毛较大主要以水中微生物为主，鱼虫小虾也照吞不误。