区别一、释义不同

念头：心里的想法、打算。

灵魂：①心灵思想。②人格良心。③比喻起指导和决定作用的因素。

区别二、引证解释不同

念头：宋 苏轼 《水陆法像赞·下八位·一切人众》：“地狱天宫，同一念头涅盘生死，同一法性。”

灵魂：《楚辞·九章·哀郢》：“羌灵魂之欲归兮，何须臾而忘反。”