尊是指请人方便行事的敬词。

自行，是指自己来做。

个人觉得，请此句子一般用于某事无法说服对方时，只好无奈跟对方表达，你要是不相信，那么就随你的便吧，语气中包含着自己已经尽力劝说，但是对方依旧不相信的无奈。尊自行 = 悉听尊便，就是“你自己看着办吧”