它们主要区别在于使用的油墨不同。

水性荧光笔的油墨为纯水性，纸对其的吸收性强。水性笔一般使用在吸收面上，即使涂在非吸收面上，也可以擦去，书写在纸上一般没有背痕。油性荧光笔使用油墨为油性，难溶于水，不易褪色和化开，油性笔可在吸收面和非吸收面上书写，且不易被擦去，在白纸上书写，背面上有明显的背痕，常常用在需要标记的场合。