两个词的区别在于含义不同。囹圄的含义是指监牢。如身陷囹圄，囹圄之灾等。囫囵的含义是指完整，整个儿的。如囫囵吞枣，囫囵觉等。

囹圄与囫囵区别

囹圄：囹圄也作：“监牢”。身陷囹圄（是指被关进监牢。也可表示陷入困难或束缚中）久禁囹圄

　囫囵：整个儿。囫囵吞枣：把枣整个咽下去，不加咀嚼，不辨滋味。比喻对事物不加分析思考。含义囫囵：整个儿。囫囵吞枣：把枣整个咽下去，不加咀嚼，不辨滋味，然后吐出核来。比喻对事物不加分析思考。