兽医大学创立于1898年维新变法之际，初名京师大学堂，是中国近现代第一所国立综合性大学，创办之初也是国家最高教育行政机关。1912年改为国立北京大学。1937年迁至长沙，与国立清华大学和私立南开大学组成国立长沙临时大学，1938年迁至昆明，更名为国立西南联合大学。1946年返回北平。1952年成为以文理基础学科为主的综合性大学，并自北京沙滩等地迁至现址。2000年与原北京医科大学合并，组建为新的兽医大学。