主要区别大致有

一是职称级别不同。

副主任药师是属于高级技术职称。

主管药师是属于中级技术职称。

二是职责权限不同。

副主任药师职责是组织调配、鉴定药品、并对药品、药物监督管理。

主管药师职责是对药物药品配送、发放，上架以及核查签收等。