其区别为：

1、类别不同，总会计师为财会类管理干部，副院长为行政管理干都。

2应用不同，副院长负责业务或行政管理工作，总会计师负责医院财务管理。

医院总会计师和副院长的区别

没多大区别。从行政级别讲医院总会计师与副院长属于同一级别，只是总会计师应该是侧重于技术层面，副院长侧重于行政管理方面。