日本公海其东部的边界由北起为库页岛、日本列岛的北海道、本州和九州西边的边界是欧亚大陆的俄罗斯远东地区南部的边界是朝鲜半岛。

日本公海的名称在韩朝和日本之间存在争议：日本方面称之为“日本海”而韩国与朝鲜方面对其官方称呼则为“朝鲜东海”（조선동해）。另有少数中国的民间人士，则使用中国的古称鲸海。