农村宅基地自建房可以做地下室，只要房子是合法申请，农民就有土地使用权，其中也包括地上和地下，但地下也不能超过规划的使用面积。如果农村自建房建地下室要做好审批流程，首先要向村委会申请，然后对占用土地用途作书面说明，然后转乡镇政府用地申请，乡镇人民政府审查无误之后再报备国土资源局，国土资源局审核通过之后人民政府才能审批。