主要区别是，意思不同、出处不同、用法不同，具体如下：

一、意思不同

1、独善其身

意思是原指独自修养身心，保持个人的节操。后指只顾自己，不管他人的个人主义处事哲学。

2、明哲保身

原义是指明于事理的人善于自保。现在则指为了保住个人利益回避原则斗争的庸俗作风。

二、出处不同

1、独善其身

《孟子·尽心上》：“穷则独善其身，达则兼善天下。” 赵岐 注：“独治其身以立於世间，不失其操也。”

白话文：“穷则独善其身，达则兼善天下。”赵岐注释：“个人修身以立於世间，不失其掌握的。”