凡是能为微生物提供生长繁殖所需碳元素的营养物质叫做碳源。微生物生存所需碳的来源，可来源于无机碳（二氧化碳/碳酸氢钠等含碳无机物），可来源于有机碳（糖类/脂肪酸/石油等含碳有机物）。

自养型细菌（如硝化细菌），可以自己固定空气中的CO2来合成自身有机物，利用的是无机碳源。

异养型细菌（如乳酸菌），利用糖类产生乳酸，碳源是有机碳。划分自养型和异养型，要根据该生物能不能自己把无机物合成有机物。