麻烦了和谢谢都是感谢的意思，是一个人受到外界帮助所说的客套话，一般麻烦了是帮你做事的人还有做你先说的感谢话。

比如你让同事帮你打饭，在给人家饭钱的同时说，麻烦你了啊。

谢谢一般用在帮你完成的事情之后说的话，比如同事帮你把饭拿回来，你在接物的同时说谢谢。这就是麻烦和谢谢的区别。