团员证盖章应该盖在团员表上的发证机关上。团员证是中国共产主义青年团团员证件的简称，是由共青团支部颁发的。团员证上面要加盖共青团支部的公章，也就是发证机关的公章，并且要加盖在团员证上面的发证机关栏上，团员证才会有效。因此，团员证盖章应该盖在团员证上的发证机关上。