彻底解决池塘底质问题需用生物的方法，恢复池底生态平衡。可使用好旺农em菌，补充池底益生菌、彻底分解底部有机质、竞争性减少病原菌数量等。

其它方法，提高饲料利用率减少浪费、减少青草投喂、施肥不浪费等，从源头上解决排泄物对底质和水质的污染防治水草大量生长，及时捞出过多或死亡的水草，以防腐烂变质。