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紫洋葱外皮掉色是因为紫色洋葱的表皮中含有花青素。 花青素是自然界一类广泛存在于植物中的水溶性天然色素，是花色苷(anthocyains) 水解而得的有颜色的苷元。水果、蔬菜、花卉中的主要呈色物质大部分与之有关。在植物细胞液泡不同的PH值条件下，花青素使花瓣呈现五彩缤纷的颜色。 已知花青素有20 多种，食物中重要的有6种，即天竺葵色素、矢车菊色素、飞燕草色素、芍药色素、牵牛花色素和锦葵色素。

花青素主要用于食品着色方面，也可用于染料、医药、化妆品等方面。

洋葱本身含有的微量元素硒，是很强的抗氧化剂，能够增强细胞的活力，延缓衰老。而紫色洋葱的表皮中还含有花青素，具有很好的抗衰老功能。