万界神主小说中芸芸最后的结局是死在了不死天皇的手中。

万界神主小说中芸芸最后被不死天皇杀死，在仙界开启圣战的时候芸芸为了突破修为与林枫一起进入星空古路之中修行，随后芸芸和林枫在星空古路中遇到了不死天皇，最后芸芸为了保护林枫被不死天皇杀死。