琅琊榜萧元启叛变的原因是：萧元启收到上师濮阳婴的蛊惑，为了自己可以大权在握，萧元启和东海的墨淄侯合作，出卖了大梁的边境十几城，导致了大梁边境生灵涂炭，而带领出征的萧元启在墨淄侯的配合下成功收复国土，成为了国家功臣，获封莱阳王，可以说萧元启为了自己的利益出卖了国家利益，已经背叛了自己的国家。