1、嘴形区别：金刚鹦鹉鱼呈一字嘴形普通鹦鹉鱼一般呈T字形、月牙形等且不能完全闭合。

2、头背区别：金刚鹦鹉鱼头顶有肉瘤隆起普通鹦鹉鱼头背交接部位凹陷下去。

3、体型区别：金刚鹦鹉鱼体型较长且扁，体长在25厘米左右，背鳍和臀鳍较短，下巴较凸普通鹦鹉鱼体型短而圆，体长在15-20厘米，头短且高。