明朝的万历31年是明神宗在位期间的年号，这一年是公元1603年，癸卯年（兔年）。1603年发生的大事有

万历三十一年（1603年）泉州的一场暴雨，加之台风突袭，海水暴涨，晋江沿海所泊船只悉数损毁，溺亡万余众，人畜尸首浮于海面，其状惨不忍睹。

万历三十一年（1603），发生了一件震惊朝野内外的“妖书”大案。