麝香龟的水深需要根据它们的体型来决定，如果是刚出生的幼龟，水位最好在腹甲以下，因为此时它们的活动能力和游泳能力都还不完善，如果水太深的话容易淹死。

如果是出生一段时间的幼龟，水位可以在5-10厘米，因为此时它们已经可以自由活动，所以提高一点水位对它们没有太大的影响。

养成年的龟，水位可以控制在20-30厘米，这样既可以满足它们深水的习性，水质也不容易恶化。