细菌屋不可以直接放鱼缸里。由于用它培养的主要是硝化细菌，这种有益菌是不喜光的，直接放到鱼缸里，繁殖速度较慢，这样会影响硝化系统的建立，从而对生态环境有一定的负面效果。一般细菌盒还是要放到过滤设备中，通过避光和爆氧才能加速它的生长。