吴应熊的三个儿子全部被康熙杀了。

吴应熊及其长子吴世麟处死，而且是处以绞刑。当云南被平定之后，康熙帝并没有顾念什么亲情，直接下令将吴三桂“二幼孙缢杀，诸庶孙斩首弃市” ，这其中的二幼孙说的正是建宁公主所出的两个幼子。至此，吴三桂的家族就彻底被灭。