凡人修仙传小说中南宫玉耀最终的结局是死在了郑倩倩的手中。

凡人修仙传小说中南宫玉耀最终被郑倩倩杀死，南宫玉耀是神界南宫世家的嫡传弟子，南宫玉耀在仙界与灵界爆发战争的时候率领南宫世家的弟子攻打灵界圣地，随后南宫玉耀在灵界圣地与郑倩倩大战一场，最终南宫玉耀不敌郑倩倩被一刀斩杀。