火影忍者要杀宇智波一族的原因是:宇智波一族不满木叶村对他们的排挤和猜疑，已经准备秘密谋反，夺取木叶村的控制权，为了村子宇智波鼬选择站到了村子一方，联手宇智波带土，在宇智波一族发动叛乱前夜，杀死了宇智波一族，可以说这是宇智波一族咎由自取的悲惨结局。