人工养殖的主要困难在于对水质的控制，珊瑚的水质的要求较高，近海直接采集的海水一般达不到要求，因此要经过一定的处理，所以导致成本较高。

同时在养殖过程中，温度、盐度、光照、悬浮颗粒等条件的控制都对珊瑚的生存有很大影响，所以目前还没有出现大规模的人工养殖。