检察院作出不起诉决定时结案。检察院对公安机关移送审查起诉的案件经过审查后，认为犯罪事实不清，证据未能确实充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人有罪，可以存疑不起诉。

检察院作出不起诉决定后，刑事诉讼程序就已经结束，案件也可以做结案处理。