用pcr扩增时，就是5'到3'，因为所用的酶就只有5'到3'DNA聚合酶。
DNA在体内生物合成时，也是5'到3'，另外一条反向DNA链看上去是3'到5'，其实也是先5'到3'合成冈崎片段后，再进行连接合成。
引物在与新链结时，由于新链模板的5'端序列是固定的，这就等于这次延伸的片段3'端被固定了止点，保证了新片段的起点和止点都限定于引物扩增序列以内、形成长短一致的“短产物片段”。
pcr延伸为什么是5到3
因为脱氧核糖核苷酸是由一分子的含氮的碱基，一分子的脱氧核糖，一分子的磷酸构成的.核糖的5'位有个磷酸，为磷酸端，3'位是-OH （羟基），是 羟基端.DNA连接就是前一个脱氧核糖核苷酸的羟基端与后一个的磷酸端相连，也就是从5'到3'端延伸.
可分为长产物片段和短产物片段两部分。短产物片段的长度严格地限定在两个引物链5'端之间，是需要扩增的特定片段。短产物片段和长产物片段是由于引物所结合的模板不一样而形成的，以一个原始模板为例，在第一个反应周期中，以两条互补的DNA为模板，引物是从3'端开始延伸，其5'端是固定的，3'端则没有固定的止点，长短不一，这就是“长产物片段”。段”。
pcr延伸为什么是5到3
引物有上游引物和下游引物，两个引物5′端都是结合在模板的3′端，PCR中用的taq酶是从5′端→3′聚合的，所以pcr过程就是引物的5′端→3′ 端延伸
