1、科属区别：玻璃鱼是鱵科鱵属的，耗儿鱼则属于竹刀鱼科秋刀鱼属。

2、肌肉颜色区别：玻璃鱼的肌肉是透明的，耗儿鱼不具有这个特征。

3、分布区别：玻璃鱼生活在纬度高的地方，耗儿鱼生活在纬度低的热带和温带。