三教合一和三教并行区别为：主次不同、追求目标不同、阶段不同。

一、主次不同

1、三教合一：三教合一以儒学为主，调和并吸收佛教、道教理论。

2、三教并行：三教并行的没有主次之分，儒、释、道三教地位平等。

二、追求目标不同

1、三教合一：三教合一的追求目标唯一，为入世。

2、三教并行：三教并行的追求目标不唯一，为出世、游世和入世。