由于地质变迁，这里几千万年以前还是一片海域，有成群的鲸鱼出没，所以得名鲸鱼谷。鲸鱼谷阿拉伯语叫“瓦迪·黑坦”，瓦迪是“河谷”，“形态各异的沙岩在蓝天下分外壮观，黑坦”是鲸鱼的复数，说明这里当时鲸鱼的数量之多。

后来地壳上升，海洋变成陆地，鲸鱼大量死亡并埋藏在地壳之中，经过上千万年的演化形成化石。