两个都是正确写法。

神密意为神秘莫测极端秘密。在古文中有过应用，如《三国志·吴志·周鲂传》：“今之大事，事宜神密。”意思为今天要做的是一件大事，所以要注意保密相关的东西，但是现在这个词语已经不常用了。

神秘意指使人摸不透的高深莫测的，在现代书写与使用中更为常见。

如： 闻一多 《静夜》诗：“这神秘的静夜，这浑圆的和平，我喉咙里颤动着感谢的歌声。”