《癸卯学制》，整个教育仍为三段七级，整个学制长达25年，规定了各级各类学堂的修业年限、入学条件、课程设置及相互衔接关系：

初等教育9年(初等小学堂5年、高等小学堂4年)、中等教育8年(中学堂5年、高等学堂3年)、高等教育8年(分科大学或大学选科3-4年，通儒院5年)

从一定意义上讲，该学制反映的是“中体西用”的思想。例如，在学校课程设置中，既规定了读经课程，也规定了各级各类学堂开设一定数量的西学课程，促进了西方自然科学知识和社会政治思想学说在中国的传播。