不能。交警部门做出机动车驾驶证扣除十二分的处罚后，该驾驶人已不具备驾驶车辆的权利。根据现行交规，机动车驾驶证有效期内扣除十二分，驾驶员需要参加科目一理论考试，不能驾驶车辆。