严世蕃以通倭且意图逃亡海外、私自训练武装，意图谋反、非法占据带王气的土地修建房屋三条罪名被嘉靖皇帝定下死罪。嘉靖皇帝最厌恶臣子勾结倭寇，意图谋反。恰好严世蕃与倭寇罗龙文交好，徐阶抓住此点让严世蕃再不得翻身。据说严世蕃得知自己将被斩首时，被吓得嚎啕大哭，双手颤抖，无法顺利写字。

嘉靖四十四年三月二十四日，严世蕃即被斩首。一直以来，都是秋后问斩，可到了严世蕃这却是春天即被斩首了，这是因为首辅徐阶建议对严世蕃“亟正典刑”，即立即斩首。