凡人修仙传中御灵宗最后的结局是被不死神教灭了全宗。

凡人修仙传中韩立在仙界成立了自己的宗门虚天殿，随后与昆吾山附近的御灵宗和墨家城等宗门一起组成了天南的南联盟，但是因为不死天皇的原因，在韩立闭关的时候，御灵宗和墨家城分别被不死神教灭粽。