高中阶段男生1000米耐力跑的及格标准为：高一4分45秒，高二4分40秒，高三4分35秒。

根据《国家学生体质健康标准》的相关规定，男生1000米耐力跑是初中、高中、大学各年级学生体质健康必测的项目之一，考察学生的心肺功能和耐力程度。高中阶段分为三个等级，高一年级男生的及格标准为4分45秒，高二年级的男生及格标准为4分40秒，高三年级及格标准为4分35秒。