武庚纪中的男主最后的结局是成为了新的天，开始重建天庭，给了人间，冥界，神界一个和平的结局，这是因为武庚获得了黑龙天的认可，最终黑龙放弃了现有的地位，自己进入了宇宙中，武庚成为了新的主宰，可以说这是一个非常幸福美满的结局。