《十万个为什么》共分为12册，分别为《数学分册》、《物理分册》、《化学分册》、《动物分册》、《植物分类》、《人体科学分册》、《地球科学分册》、《宇宙科学分册》、《环境科学分册》、《信息科学分册》、《工程科学分册》和《索引资料分册》。

其中数学、物理、化学、动物植物分册保留原《十万个为什么》的学科设置

人体、地球、宇宙分册系在原医学、气候、地学、天文等学科基础上，各自新增了人体、生理、遗传、海洋、航天等内容合并而成

环境、信息、工程和索引资料分册为新拓展的学科分册。